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　　半岛体育已是樱花时节，疫情仍在肆虐。在这个特殊的时期，全国上下都给予了医疗机构特别的关注。但很多人不太了解的是，近年来我国的医疗机构普遍面临着各种各样的困境，特别是经营亏损导致的资金困难，比如北京市近５００家民营医院中有五成以上处于亏损状态［１］；很多大型公立医院亏损严重的达数亿元，少的也有几千万［２］。对医疗机构而言，具有国家财政间接补助作用的税收优惠政策在此刻就显得尤为重要。但是，由于部分医疗机构对政策的理解认识不足，以及有些税收政策应该规定的更加明确，导致在优惠政策的适用上存在不少误区，例如：有的认为所有医疗机构应该全部免税，有的认为非营利性医疗机构应该全部免税，有的认为民营医疗机构应全部纳税，甚至有的认为医疗机构的所有收入都应该免征增值税、企业所得税，等等不一而足。在此，我们有必要对医疗机构适用的税收优惠政策进行梳理分析，以便于医疗机构规避税务风险，充分享受税收优惠。

　　１９９７年中央、国务院做出《关于卫生改革与发展的决定》，随后国务院办公厅发布《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》（（２０００）１６号），明确要求“建立新的医疗机构分类管理制度，将医疗机构分为非营利性和营利性两类进行管理，制定并实施不同的财税政策，非营利性医疗机构享受相应的税收优惠政策，营利性医疗机构依法自主经营，照章纳税”。同年，财政部、国家税务总局发布《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税（２０００）４２号），按照（２０００）１６号的精神对非营利性和营利性医疗机构的税收政策予以明确。自此以后，财税（２０００）４２号文成为了医疗机构税收优惠政策的“指南”。

　　时至今日，财税（２０００）４２号文颁布已近二十载，由于其间经历了２００８年新《企业所得税法》的实施、２０１１年《车船税法》的生效、２０１６年全面推行“营改增”试点等重大税收政策变化，相关的部分优惠政策已经失效。实践中，部分医疗机构和征收机关因未及时更新法规或存在种种理解上的误区，从而造成了医疗机构行业性的税收乱象，征纳双方为此争议不断。

　　基于上述背景，我们在财税（２０００）４２号文（“旧政策”）的基础上，按照两个维度梳理并更新了医疗机构的税收优惠政策（详见下表）。一方面，从纳税主体来看，分为营利性和非营利性医疗机构，旨在对比两类纳税主体税收优惠的异同；另一方面，从新旧政策看，对比增值税、企业所得税以及其他税种近２０年来政策的变化和调整。

　　［１］上表所列的税收优惠政策仅指一般意义上医疗机构在全国范围内适用的税收优惠政策，不包括针对新冠疫情出台的税收优惠政策。

　　［２］根据《财政部、国家税务总局关于公布若干废止和失效的营业税规范性文件的通知》（财税（２００９）第６１号），“财税（２０００）４２号文有关营业税规定自２００９年１月１日起被废止”。此后，根据《营业税暂行条例》第八条，“医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务免征营业税”。

　　［３］财税（２０１６）３６号文规定的免征增值税的医疗服务需在政府指导价格内，受托提供医疗服务亦同。

　　［４］根据《契税法（草案）征求意见》第六条，“非营利性的学校、医疗机构、社会福利机构承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、养老、救助，免征契税”。因相关政策还未正式颁布，故未列举在上表中。

　　第一，按照不同的划分标准，我国医疗机构从产权归属上分为公立和民营，从机构性质上分为营利性和非营利性。而（２０００）１６号文、财税（２０００）４２号文以及其他税收法律法规一直按照机构性质对营利性和非营利性医疗机构分类管理，并未采用产权归属作为划分标准。实践中，公立医院多为事业法人，一般是非营利性医疗机构，而民营医院既包括营利性的公司法人，也包括非营利性的民办非企业单位。相较于民营医院，公立医院由于其行政职能和公益服务属性可以获得更多的财政补贴、更优的土地使用政策、更广泛的融资渠道等优惠政策，但这些都并非税收待遇上的差异。

　　第二，另一个原因可能是由于财税（２０００）４２号文规定，“对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收；而对营利性医疗机构取得的收入，原则上按规定征收各项税收”。因此，社会上有了非营利性医疗机构“免税”，营利性医疗机构“征税”的模糊认识，进而形成公立医院免税，民营医院征税的错误认识。

　　从上表分析可知，营利性和非营利性医疗机构可适用的税收优惠政策并没有太大差异，只是自产自用的制剂免征增值税，自用的房产、土地免征房产税及城镇土地使用税等对于营利性医疗机构有３年免税期的限制。

　　长期以来，理论界与实务界普遍存在公立医院或非营利性医疗机构“完全免税”的认识误区。产生这一误区的原因可能有以下几个方面：

　　第一，对政策适用范围的错误理解。财税（２０００）４２号文规定，“对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入免征各项税收”。需要注意的是，享受上述免税政策的收入仅限于按照国家规定的价格取得的医疗服务收入。从另一个方面来看，非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入等属于增值税、企业所得税的应税收入。因此，４２号文对非营利性医疗机构提供的是特定范围的免税政策。

　　第二，对政策有效性的错误认识。从上表新旧政策对比可知，财税（２０００）４２号文中关于医疗服务免征企业所得税以及自用车船免征车船使用税的政策均已失效（具体论述祥见下文）。由于未及时更新法规造成了对政策有效性的错误认识。

　　第三，非营利性医疗机构未缴纳企业所得税的因果倒置。由于非营利性医疗机构的医疗服务价格受到政府指导价的管控，因此大多处于亏损状态，造成了客观上无需缴纳企业所得税。但我们不能将因果倒置为非营利性医疗机构无需缴纳企业所得税，反推出其享受免税政策。因此，非营利性医疗机构是“亏而不缴”并非“免而不纳”。

　　综上分析，我们应该打破非营利性医疗机构“完全免税”这一错误认识，不论是营利还是非营利医疗机构仅对符合条件的医疗服务收入免征增值税，对于其他应税收入和全部应税所得应依法纳税。

　　在厘清医疗机构现有的税收优惠政策后，下文将结合理论和实务，分析各税种相关优惠政策在具体适用过程中的常见问题。

　　根据《增值税一般纳税人登记管理办法》及相关规定，年应税销售额超过５００万元的增值税纳税人，除例外情况，应办理一般纳税人登记。同时，《增值税暂行条例实施细则》第二十九条规定，“年应税销售额超过小规模纳税人标准的非企业性单位、不经常发生应税行为的企业可选择按小规模纳税人纳税”。“营改增”后，《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税（２０１６）３６号）第三条规定，“年应税销售额超过规定标准但不经常发生应税行为的单位和个体工商户可选择按照小规模纳税人纳税”。

　　上述两个文件的规定存在区别，主要体现在非企业性单位上：《实施细则》规定，只要是非企业性单位，即可选择按小规模纳税人纳税；３６号文则将范围收窄，只有不经常发生应税行为的单位，才可选择按小规模纳税人纳税。有观点认为，医疗机构属于“营改增”试点纳税人，应该遵从３６号文的规定，即超过小规模纳税人标准的非企业性单位，除非是不经常发生应税行为，否则应该申请成为增值税一般纳税人。也有观点认为，２０１７年《增值税暂行条例》修订后，提供应税服务的纳税人也是《暂行条例》规范的“纳税人”，应该首先适用《暂行条例》及其实施细则的规定。

　　实践中，年应税销售额超过５００万的非营利性医疗机构（包括：事业单位、民办非企业单位等，）认定为小规模纳税人的情况较为常见，但是税务机关往往会要求医疗机构提供《事业单位法人证书》等证明文件。

　　根据财税（２０１６）３６号文，“医疗机构提供的医疗服务免征增值税［３］”。需要注意的是，３６号文对于该项优惠政策的适用主体和服务内容有限制条件。

　　首先，医疗机构需要满足行业管理的规定并取得相应的资质证书，如《医疗机构执业许可证》。其次，医疗服务需要在《全国医疗服务价格项目规范》所列范围中且不高于指导价格。实践中，一些医疗机构在新办或改制重组过程中存在暂时未取得《医疗机构执业许可证》的情况，对此我们认为除了可能面临违反行业监管要求的后果，在适用医疗服务免征增值税政策上也存在一定的税务风险。此外，需要注意的是，医疗机构取得的横向科教项目收入（如：企业委托科研经费）、培训收入、停车管理费等均不属于增值税免税范围，应该依法纳税。

　　财税（２０１６）３６号文第二十七条规定，“用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额不得从销项税额中抵扣。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产”。

　　根据上述规定，非专用于免税项目的固定资产、不动产相关的进项税额可以全额抵扣，对“专用”是否要求达到１００％的比例没有明确规定。实践中，医院的医疗设备、办公楼、停车场等既用于免税的医疗服务又用于应税的培训项目、停车服务等，理论上非专用于医疗服务的固定资产、不动产都可以全额抵扣进项税额。因此，医疗机构应在充分考量实际情况的前提下适用政策，同时要做好相关证明材料的留存工作。

　　根据财税（２０００）４２号及财税（２０１６）３６号文等文件精神来看，与医疗服务一并销售的药品可以享受增值税免税政策。但是，实践中医疗机构对于３６号文的相关条款理解也存在一定误区。

　　有的观点可能认为，３６号文对于免征增值税的“医疗服务”有明确界定，是指医疗机构按照不高于医疗服务指导价格为就医者提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务。而《全国医疗服务价格项目规范》明确规定“本规范除另有说明外，不含药品、临床用血”，由此认为与医疗服务一并销售的药品不能享受增值税免税政策。

　　但是财税（２０１６）３６号文附件１《销售服务、无形资产、不动产注释》对于纳税客体“医疗服务”进行了明确界定，“医疗服务”是指提供医学检查、诊断、治疗、康复、预防、保健、接生、计划生育、防疫服务等方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务”。因此，对于医疗服务免税范围的定义应以附件１为基础。

　　从另一个角度看，医疗机构提供医疗服务的同时销售药品属于“混合销售”。根据财税（２０１６）３６号文［４］，医疗机构的混合销售行为应该按照销售医疗服务缴纳增值税。因此，符合免税规定的医疗服务与之相关的药品也可适用增值税免税政策。

　　长期以来，业界对非营利性医疗机构按照国家规定价格取得的医疗服务收入能否免征企业所得税这一问题众说纷纭。实践中，各地的做法也存在差异：有的零申报企业所得税；有的完全不申报；有的将医疗服务收入、其他收入均作为应税收入申报企业所得税［５］；有的将医疗服务收入作为免税收入、其他收入作为应税收入申报企业所得税。随着２００８年新《企业所得税法》的施行，此前的企业所得税优惠政策被集中清理和废止。根据《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税（２００８）１号）第五条［６］，除该通知所列举的文件规定的优惠政策外，２００８年１月１日之前实施的其他企业所得税优惠政策一律废止。因此，４２号文中有关企业所得税免税的政策在２００８年新企业所得税法实施后已失效。

　　此后，国家税务总局颁布的《关于进一步贯彻落实税收政策促进民间投资健康发展的意见》（国税发（２０１２）５３号）规定，“对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收（２００８年１月１日以后，不包括企业所得税）”，进一步明确了非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入不再免征企业所得税。

　　与此同时，《企业所得税法》第二十六条规定，“符合条件的非营利组织的收入免征企业所得税”。《关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税（２０１８）１３号）和《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税（２００９）１２２号）进一步明确了非营利组织免税资格认定的条件以及免税收入的范围［７］。我们可以看到，医疗服务收入不属于非营利组织免税收入的范围。

　　为了促进社会办医，２０１０年以来国务院先后印发实施了一系列鼓励社会办医发展的文件。其中，２０１５年国务院办公厅发布的《关于促进社会办医加快发展若干政策措施》（（２０１５）４５号）规定，“社会办医疗机构按照企业所得税法规定，经认定为非营利组织的，对其提供的医疗服务等符合条件的收入免征企业所得税”。国家税务总局针对４５号文后续一直没有发布配套文件。社会办非营利性医疗机构能否以此作为医疗服务收入免征企业所得税的依据，在实践中引发了争论。因此有必要对４５号文该条款的适用进行梳理分析。

　　首先，（２０１５）４５号文属于定性的、方向性的政策［８］，并非明确了税收优惠政策适用的具体情况和条件。４５号文使用“符合条件的”这一含义不确定的限定词，一定程度上也说明了政策适用时需要根据税收法律法规进一步判定。现行政策中，只有财税（２００９）１２２号文对非营利组织企业所得税免税收入的范围进行了规定，经判定医疗服务收入不属于非营利组织免税收入的范围。

　　其次，（２０１５）４５号属于经国务院同意，由国务院办公厅发布的规范性文件。由于文件不符合《立法法》对于行政法规和部门规章的起草及公布的相关规定，因此不属于行政法规和部门规章。关于文件的效力级别，现行的法律法规没有明确规定，实践中也存在争议。因此，非营利性医疗机构以４５号文作为医疗服务收入免征企业所得税的依据是不充分的。

　　综上所述，我们认为，从现行的税收政策来看，非营利性医疗机构取得的医疗服务收入不能免征企业所得税，但由于（２０１５）４５号文的发布对所得税征免政策的理解和适用在一定程度上造成了混淆，希望财政税务部门对该政策适用范围予以进一步明确。

　　２０１９年６月，国家卫健委等多部门联合印发了《关于促进社会办医持续健康规范发展的意见》，明确“社会办医可按规定申请认定高新技术企业，享受相应税收优惠”。一些新闻媒体认为这是向医疗行业释放的重大利好，预计这将开启社会办医高新技术企业认定的“新大门”［９］。实际上，“生物与新医药技术”一直是我国《国家重点支持的高新技术领域》之一，此前也不乏一些社会办的专科医院（如：爱尔眼科、北京长峰医院、广州穗华口腔医院等）成功申请并获得了高新技术企业资格半岛体育。

　　因此，满足条件的医疗机构可以申请认定并高新技术企业并享受税收优惠政策，同时符合规定的研发费用也可以在企业所得税前加计扣除。

　　根据《中央国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》，近几年一些医疗机构需要由事业单位改制为有限责任公司，改制过程中面临大量房地产的转移和重新登记，能否适用暂不征收土地增值税政策，对于改制进程的推进至关重要。

　　《财政部税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税（２０１８）５７号）第一条规定，“按照《公司法》的规定，非公司制企业整体改制为有限责任公司或者股份有限公司，有限责任公司（股份有限公司）整体改制为股份有限公司（有限责任公司），对改制前的企业将房地产转移、变更到改制后的企业，暂不征土地增值税”。对于事业单位是否属于上述规定所称的“非公司制企业”存在较大争议。

　　实践中有观点认为，财税（２０１８）５７号所称的“非公司制企业”不包括事业单位。主要依据是《土地增值税暂行条例实施细则》第六条规定，“条例第二条所称的单位，是指各类企业单位、事业单位、国家机关和社会团体及其他组织”。据此认为，土地增值税意义上的“企业单位”和“事业单位”是并列关系，事业单位改制不能适用５７号文“非公司制企业”整体改制暂不征收土地增值税的政策。

　　我们认为事业单位改制应当可以适用暂不征收土地增值税政策。首先，事业单位改制实质上满足税法对于改制重组暂不征税的原理。从法律形式上看，相关房地产权属人的名称虽然发生了变化，但从实质上看，事业单位改制前后投资主体往往没有变化，而且缺乏纳税所必要的资金。其次，财税（２０１８）５７号规定的“暂不征税”并非免税，而是实现税收递延。事业单位改制后再次转让房地产时，仍沿用改制前的计税基础，适用暂不征土地增值税政策并不会造成下一环节少缴税款。第三，从税收公平原则来看，事业单位与其他企业都是土地增值税的纳税义务人，如果某一类型的企业可以享受免税，而事业单位被排除在外，对其征税，有悖于税收公平原则，同时也会阻碍我国推进事业单位改革的进程。

　　综上所述，我们认为事业单位改制应当可以适用暂不征收土地增值税政策。对于财税（２０１８）５７号不尽明晰之处，希望财政税务部门能予以明确。

　　财税（２０００）４２号文规定，“对非营利性医疗机构自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税；对营利性医疗机构自用的房产、土地３年内免征房产税、城镇土地使用税”。何为“自用”，４２号文并没有明确。

　　关于房产税，《财政部、税务总局关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》（财税地字（１９８６）８号）第六条规定，“免税单位出租的房产以及非本身业务用的生产、营业用房产不属于免税范围，应征收房产税”［１０］。

　　关于城镇土地使用税，国家税务总局《关于土地使用税若干具体问题的补充规定》（（８９）国税地字第１４０号）规定了无偿使用土地的情况。对于“有偿使用”，北京市税务局进一步明确，“免税单位有偿使用纳税单位土地，纳税单位应照章缴纳土地使用税。对纳税单位有偿使用免税单位的土地。属于本系统内的可由纳税单位代缴土地使用税；本系统外的仍由拥有土地使用权的单位缴纳”。

　　实践中，医疗机构为了实现专业化管理，通常将食堂、超市、太平间等房产出租给其他企业经营，根据上述规定，医疗机构出租的房产不属于“自用”房产，应就取得的租金缴纳房产税，就已出租房产对应面积的土地缴纳城镇土地使用税。

　　通过以上分析，我们明确了医疗机构税收优惠的适用范围，对一些常见的问题进行了辨析、澄清了误区，在此我们也提出如下建议：

　　１．各个医疗机构应充分享受税收优惠，同时要依法办理纳税申报。医疗机构应该准确划分征税、免税收入，充分享受医疗服务收入免征增值税等优惠政策，符合条件的医疗机构要积极申请高新技术企业资格，最大限度地享受国家对医疗机构的税收优惠，降低自身的税收负担。同时，要依法对应税收入进行纳税申报，避免纳税风险。

　　２．希望国家相关部门进一步明确涉及医疗机构的税收政策，减少执行中的不确定性。特别是有必要对（２０１５）４５号文件中医疗机构税收优惠的适用范围和条件，以及事业单位改制是否可以适用财税（２０１８）５７号文中暂不征收土地增值税等政策予以明确，以利于明确征免范围，消除分歧。

　　３．税务机关应依法规范对医疗机构的税收管理。有关人士调研显示，目前有部分省市的税务局曾向公立医院就医疗服务收入征收企业所得税，但公立医院与税务局经过数月博弈后也就不了了之。“这种现象反映出政府对公立医院的定位不清晰，法律法规的制定、衔接、执行各环节不够严谨”［１１］。因此，税务机关应该依法规范对医疗机构的税收管理，保障各地及各种性质的医疗机构公平税负，降低纳税遵从风险，共同助力我国医疗事业的有序、健康发展。

　　[1]参见《法人》杂志：《半数以上亏损——民营医院：在寒风中坚强活着》，链接：，最后访问：2020年3月10日。

　　[2]参见“医学界” 微信公众号：《发改委发文，公立医院将再陷亏损！》，链接：，最后访问：2020年3月10日。

　　[3]《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税(2016)36号）规定，医疗机构提供的医疗服务免征增值税。

　　医疗机构，是指依据国务院《医疗机构管理条例》（国务院令第149号）及卫生部《医疗机构管理条例实施细则》（卫生部令第35号）的规定，经登记取得《医疗机构执业许可证》的机构，以及军队、武警部队各级各类医疗机构。具体包括:各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心，各级政府及有关部门举办的卫生疫站(疾病控制中心)、各种专科疾病防治站(所)，各级政府举办的妇幼保健所(站)、母婴保健机构、儿童保健机构，各级政府举办的血站(血液中心)等医疗机构。

　　医疗服务，是指医疗机构按照不高于地（市）级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格（包括政府指导价和按照规定由供需双方协商确定的价格等）为就医者提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，以及医疗机构向社会提供卫生防疫、卫生检疫的服务。

　　[4]《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税（2016）36号文）第四十条规定，一项销售行为如果既涉及服务又涉及货物，为混合销售。从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税；其他单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售服务缴纳增值税。

　　[5]参见中国青年网：《王启仪委员：非营利性医疗机构医疗服务收入应免税》，链接：，最后访问：2020年3月10日。

　　[6]《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税(2008)1号）第五条规定，除《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》、《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号），《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发[2007]40号）及本通知规定的优惠政策以外，2008年1月1日之前实施的其他企业所得税优惠政策一律废止。各地区、各部门一律不得越权制定企业所得税的优惠政策。

　　[7]《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税[2009]122号）第一条规定，非营利组织的下列收入为免税收入：

　　（二）除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；

　　[8]参见朱炎生.《应当处理好大背景下的小逻辑》.《税法解释与判例评注》（第一卷）.北京:法律出版社，2010, 12-13.

　　[9]参见腾讯新闻：《重大利好！“社会办医”可申请认定高新技术企业，享受相应税收优惠！》，链接：，最后访问：2020年3月10日。

　　[10]《财政部、税务总局关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》（财税地字(1986)8号）第六条规定，关于免税单位自用房产的解释

　　国家机关，人民团体，军队自用的房产，是指这些单位本身的办公用房和公务用房。

　　宗教寺庙自用的房产，是指举行宗教仪式等的房屋和宗教人员使用的生活用房屋。

　　公园，名胜古迹自用的房产，是指供公共参观游览的房屋及其管理单位的办公用房屋。

　　上述免税单位出租的房产以及非本身业务用的生产，营业用房产不属于免税范围，应征收房产税。